Juan Martín Mena estudió en la Universidad de Buenos Aires y es abogado especializado en derecho penal, política criminal y Derechos Humanos.
En 2001 ingresó a la Procuración Penitenciaria, entonces dependiente del Ministerio de Justicia, y en 2004 pasó a ser asesor de Gabinete de la Secretaría de Política Criminal y Asuntos Penitenciarios.
En 2009 se convirtió en Subsecretario de Política Criminal de la Secretaría de Justicia. En este contexto, fue parte de la elaboración del nuevo Código Procesal Penal.
A partir de julio de 2010 comenzó a desempeñarse también como Jefe de Gabinete del entonces Ministro Julio Alak.
En 2014 fue designado por el entonces Secretario de Inteligencia, Oscar Parrilli, como Subsecretario del organismo.
Entre 2016 y 2017 fue Secretario Letrado en el Consejo de la Magistratura, y posteriormente armó su propio estudio de abogados.
En 2019 comenzó a desempeñarse como Viceministro de Justicia de la Nación, y en 2023 pasó a desempeñarse como Ministro de Justicia y Derechos Humanos de la Provincia de Buenos Aires.
